พันธะเปปไทด์เป็นพันธะโควาเลนต์ที่เกิดขึ้นระหว่างสองโมเลกุล เมื่อกลุ่มคาร์บอกซิลของตัวหนึ่งทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนของอีกกลุ่มหนึ่งผ่านปฏิกิริยาควบแน่น (หรือการคายน้ำซึ่งนำไปสู่การกำจัดโมเลกุลของน้ำ ) .
โดยปกติพันธะเปปไทด์จะเกิดขึ้นระหว่างกรดอะมิโนสองชนิดทำให้เกิดไดเปปไทด์
เนื่องจากไดเปปไทด์ในโมเลกุลของมันยังคงประกอบด้วยอะมิโนและหมู่คาร์บอกซี มันจึงสามารถสร้างพันธะเปปไทด์กับกรดอะมิโนที่สาม ทำให้เกิดไตรเปปไทด์เป็นต้น เมื่อจำนวนกรดอะมิโนค่อนข้างน้อยจะเรียกว่าโอลิโกเปปไทด์ในขณะที่หากจำนวนกรดอะมิโนเพิ่มขึ้นจะเรียกว่าโพลีเปปไทด์หรือโปรตีน
ในความเป็นจริง พันธะเปปไทด์ไม่ใช่แบบธรรมดา แต่มีลักษณะพันธะเดี่ยว 60% และลักษณะพันธะคู่ 40%
ในสิ่งมีชีวิต การก่อตัวของพันธะเปปไทด์จะถูกกระตุ้นโดยเอนไซม์ที่เรียกว่า peptidyl transferase ซึ่งมีอยู่ในหน่วยย่อยที่สำคัญของไรโบโซม
โปรตีนที่นำมาใช้ในอาหารยังประกอบด้วยสายกรดอะมิโนที่เชื่อมด้วยพันธะเปปไทด์ ในระหว่างการย่อยอาหาร พันธะเหล่านี้จะถูกทำลายโดยเอนไซม์บางชนิด (เปปไทเดส) ที่มีอยู่ในน้ำย่อยและตับอ่อน กรดอะมิโนเดี่ยวที่ลำไส้ดูดซึมเข้าไปจะผ่านจากเลือดและถูกเซลล์ไปจับ โดยเฉพาะอย่างยิ่งตับ ซึ่งรวมเข้าด้วยกันผ่านพันธะเปปไทด์ใหม่เพื่อสร้างโปรตีนที่พวกเขาต้องการ (ไม่ใช่แค่โครงสร้างเท่านั้น แต่ยังรวมถึงฮอร์โมนและเอนไซม์ด้วย เป็นต้น อันที่จริงในธรรมชาติมีโปรตีนจำนวนมากซึ่งมีลักษณะทางเคมีกายภาพต่างกันซึ่งได้มาจากคุณสมบัติที่แตกต่างกันของกรดอะมิโนธรรมดา 20 ชนิดและจากการรวมตัวกันของสายโซ่พอลิเปปไทด์ลองคิดดูว่ามีโปรตีน 100 ตัว กรดอะมิโนจึงมีขนาดค่อนข้างเล็กและสามารถประกอบด้วยสายโซ่โพลีเปปไทด์ที่เป็นไปได้ 20100 = 1.27 x 10130 คำแนะนำสำหรับการสร้างสายโซ่กรดอะมิโนที่ถูกต้องมีอยู่ในจีโนมของแต่ละบุคคล
