ผลข้างเคียงของโปรไบโอติกยังไม่ได้รับการจัดทำเป็นเอกสารอย่างดี เนื่องจากมีตัวแปรมากมายที่ส่งผลต่อการศึกษาที่เป็นปัญหา
/ ยีสต์ที่แสดง "ผลในเชิงบวก" ต่อความสมดุลของแบคทีเรียในลำไส้ แต่โปรไบโอติกสายพันธุ์ใดที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการควบคุมลำไส้ "ของเรา" พันธุศาสตร์ ความคุ้นเคย อัตวิสัย การเลี้ยงลูกด้วยนมแม่ วิถีชีวิต โภชนาการ ฯลฯ สิ่งเหล่านี้เป็นสิ่งที่ไม่ทราบที่มีอิทธิพลต่อการเลือกสายพันธุ์แบคทีเรียที่เหมาะสม และต้องได้รับการประเมินเพื่อหลีกเลี่ยงผลข้างเคียงของโปรไบโอติก
อย่างไรก็ตาม จากการวิจัยที่ดำเนินการเกี่ยวกับผลกระทบทั่วไปของโปรไบโอติก มีหลายแง่มุมที่ทำให้เรางุนงงเกี่ยวกับความสว่างในการรักษานี้
ต่อต้านโลหะหรือแร่ธาตุที่มีอยู่ในผลิตภัณฑ์ยา การมีอยู่ของ "สารปนเปื้อน" เหล่านี้จำกัดการใช้ผลิตภัณฑ์บางประเภทในการรักษาเฉพาะกับผู้บริโภคที่ไม่มีภาวะภูมิไวเกินที่เกี่ยวข้องเท่านั้น
