กลิ่นปัสสาวะของผู้เข้ารับการทดลองที่มีสุขภาพดีและมีน้ำเพียงพอมักเป็น "sui generis" และปราศจากกลิ่นเหม็น ที่จริงแล้ว เรากำลังพูดถึงของเหลวปลอดเชื้อตามปกติซึ่งมีความเข้มข้นของของเสียที่แปรผันตามการรับประทานอาหาร สุขภาพของรัฐ และ การให้น้ำและการรับประทานยาใด ๆ
กลิ่นเหม็นในปัสสาวะอาจเป็นสัญญาณของสภาวะทางพยาธิวิทยา แต่ไม่จำเป็นเสมอไป
(ซึ่งมีสีแตกต่างกันไปโดยเคลื่อนไปทางสีเขียวอ่อน) กะหล่ำดอกและกระเทียมมักมาพร้อมกับปัสสาวะที่มีกลิ่นเหม็น(เพราะตัวละลายที่รับผิดชอบต่อกลิ่นเหม็นจะเพิ่มความเข้มข้นของตัวละลาย ปัสสาวะจึงมีสีเข้มเป็นพิเศษและมีกลิ่นเฉพาะตัวของแอมโมเนีย)
โรคกระเพาะปัสสาวะอักเสบ การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ pyelonephritis (การติดเชื้อในไต) ท่อปัสสาวะอักเสบ ต่อมลูกหมากอักเสบ และช่องคลอดอักเสบ (ในกรณีนี้ ปัญหาอาจไม่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินปัสสาวะ เนื่องจากความใกล้ชิดทางกายวิภาค - หากต้องการข้อมูลเพิ่มเติม โปรดดู: กลิ่นในช่องคลอด);
ตับวาย;
เบาหวาน ketoacidosis และ ketonuria (เป็นเรื่องปกติของการอดอาหารเป็นเวลานานพร้อมกับปัสสาวะมากมายที่มีกลิ่นหวานคล้ายกับอะซิโตน);
ทวารทวารหนัก;
Phenylketonuria (โรคที่หายากตั้งแต่แรกเกิด);
การทานอาหารเสริมวิตามินบี 6
ความผิดปกติของการเผาผลาญ
โรคปัสสาวะเมเปิ้ลไซรัป (หายาก);
Trimethylaminuria หรือกลุ่มอาการกลิ่นคาว (หายาก);
ยาบางชนิดสามารถเปลี่ยนแปลงกลิ่นของปัสสาวะได้ รวมทั้งยาปฏิชีวนะบางชนิด เช่น แอมม็อกซิลลิน แอมพิซิลลิน ไนโตรฟูแรนโทอิน ซิโพรฟลอกซาซิน นอร์ฟลอกซาซิน ออฟลอกซาซิน และทริมเมโธพริม
สาเหตุของกลิ่นปัสสาวะที่ไม่ดีสามารถตรวจสอบได้โดยการวิเคราะห์ปัสสาวะและการเพาะเลี้ยง (เพื่อค้นหาการติดเชื้อแบคทีเรีย)