สิ่งสำคัญคือต้องแยกแยะอาการเฉียบพลันจากอาการท้องร่วงเรื้อรัง ระบุปัญหาในลำไส้เล็กหรือลำไส้ใหญ่ และทำความเข้าใจว่าอาการท้องร่วงเกิดจากโรคทางเดินอาหารหลักหรือเป็นผลมาจากโรคภายนอกลำไส้
เมื่อพิจารณาจากสาเหตุต่างๆ ของโรคท้องร่วงและลักษณะที่อาจจำกัดตัวเองได้ วิธีการวินิจฉัยควรแตกต่างกันไปตามประวัติทางคลินิกของผู้ป่วย ความรุนแรงของอาการ และความพร้อมของเจ้าของ
เป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุด ในกรณีเหล่านี้ ประวัติทางการแพทย์มีความสำคัญมาก (การสัมผัสกับสัตว์ป่วย การแพ้ที่ทราบ อยู่ในกรง การบริโภคอาหารที่ปรุงไม่สุกหรืออาหารบูด)การปรากฏตัวของเสมหะ เลือดที่มีชีวิต ความยากลำบากและความเร่งด่วนในการถ่ายอุจจาระบ่งบอกถึงปัญหาของลำไส้ใหญ่ ในขณะที่การลดน้ำหนักและการมีเลือดที่ย่อยได้บ่งชี้ถึงการมีส่วนร่วมของลำไส้เล็ก
สำหรับสัตว์ที่มีอาการท้องร่วงเล็กน้อย รับประทานอาหารและดื่มน้ำตามปกติ ไม่อาเจียนหรือขาดน้ำ การดูแลแบบประคับประคองก็เพียงพอแล้ว ในกรณีที่มีอาการทางคลินิกลุกลาม มีอาการขาดน้ำและเบื่ออาหาร การตรวจวินิจฉัยเพิ่มเติม เช่น การตรวจอุจจาระ การตรวจโรคติดเชื้อ และการตรวจเลือดเป็นสิ่งจำเป็น โดยต้องให้ความสนใจเป็นพิเศษกับสัตว์ที่มีอาการทางระบบ
โรคอุจจาระร่วงในสัตว์เลี้ยงเกี่ยวข้องกับ Clostridium perfringens, Clostridium difficile, Campylobacter, Salmonella และ E. coli อย่างไรก็ตาม ในทางกลับกัน สัตว์ที่มีสุขภาพดีจำนวนมากมีแบคทีเรียเหล่านี้ และการค้นพบของพวกมันไม่ได้หมายความถึงการมีอยู่ของสัญญาณทางคลินิก
โดยเฉพาะอย่างยิ่ง มีความสัมพันธ์ที่ชัดเจนระหว่าง ค. เพอร์ฟรินเกนส์ และอาการท้องร่วงเฉียบพลัน แต่ไม่ชัดเจนว่าการปรากฏตัวของแบคทีเรียนี้เป็นสาเหตุหรือผลที่ตามมาเนื่องจาก "การเปลี่ยนแปลงในจุลินทรีย์ในลำไส้; เช่นเดียวกับสำหรับ ค. ยาก.
ในทางกลับกัน Campylobacter สามารถทำให้เกิดอาการทางเดินอาหารโดยเฉพาะในสัตว์อายุน้อยที่สัมผัสกับปัจจัยจูงใจ เช่น ความเครียด ความแออัดยัดเยียด และโรคที่เกิดขึ้นพร้อมกัน
.บางชนิด อี. โคไล อาจทำให้เกิดการติดเชื้อในลำไส้ในสุนัขที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่อง และมักเกี่ยวข้องกับอาการลำไส้ใหญ่บวมเป็นเม็ดของนักมวย (Boxer granulomatous colitis) โดยมีแผลที่คล้ายกันที่อธิบายไว้ใน French Bulldog และ Border collie
