แม้ว่าสีของอุจจาระจะได้รับอิทธิพลอย่างมากจากนิสัยการกิน แต่ความผิดปกติของสีที่เป็นไปได้อาจเกิดจากสภาวะผิดปกติ ด้วยเหตุนี้ หากการเปลี่ยนแปลงไม่ได้เกิดจากการเปลี่ยนแปลงของอาหารโดยเฉพาะหรือมีอาการอื่นร่วมด้วย เช่น ท้องร่วง ท้องผูก อ่อนแรง ปวดท้อง หรือเวียนศีรษะ - จำเป็นต้องรายงานเรื่องนี้ให้แพทย์ทราบโดยทันที
ที่ได้มาจากการสลายของเซลล์เม็ดเลือดแดง สิ่งนี้ถูกเผาผลาญโดยแบคทีเรียในลำไส้ไปเป็น stercobilin ซึ่งทำให้อุจจาระมีสีน้ำตาลตามแบบฉบับ ในทางกลับกัน บิลิรูบินมาจากสารตั้งต้นที่เรียกว่า บิลิเวอร์ดิน ซึ่งพบได้ในน้ำดีและบางครั้งอยู่ในอุจจาระ ซึ่งทำให้เกิดสีเขียว สถานการณ์นี้เกิดขึ้นเมื่อการขนส่งของลำไส้เร็วจนทำให้เกิด "การเปลี่ยนแปลงของบิลิเวอร์ดินที่ไม่สมบูรณ์ บิลิรูบินและอนุพันธ์ อุจจาระสีเขียวจึงเป็นอาการทั่วไปของอาการท้องร่วงและสภาพที่มีลักษณะทางพยาธิวิทยาและไม่ใช่ทางพยาธิวิทยา (เช่น การใช้ยาระบายในทางที่ผิด) ที่เป็นสาเหตุ การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะบางชนิดหรืออาหารเสริมที่มีธาตุเหล็กอาจทำให้ไม่สะดวกเช่นเดียวกัน
สีเขียวของอุจจาระสามารถเชื่อมโยงกับการบริโภคอาหารที่อุดมด้วยคลอโรฟิลล์อย่างเห็นได้ชัด ซึ่งเหนือสิ่งอื่นใดในผักโขม ผักร็อคเก็ต ผักชีฝรั่ง ถั่วเขียว และผักใบเขียวโดยทั่วไป
เป็นที่รู้จักเนื่องจากมีลักษณะเป็นสีเหลืองส้ม (แครอท ฟักทอง แอปริคอต มะม่วง มันเทศ ฯลฯ) แม้แต่การใช้ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารที่มีสารต้านอนุมูลอิสระนี้ในทางที่ผิด การบริโภคยาที่มี rifampin (สารต้านจุลชีพ) หรืออาหารที่มีสีย้อมคล้ายคลึงกัน ก็สามารถทำให้เกิดการอพยพของอุจจาระสีส้ม หรือติ่งเนื้อในลำไส้ที่มีแนวโน้มจะพัฒนาไปเป็นมะเร็ง
สีแดงของอุจจาระสามารถสม่ำเสมอหรือเปลี่ยนแปลงโดยเส้นใยหรือจุดสีแดงสด ซึ่งสามารถมองเห็นได้บนกระดาษชำระหรือบนผนังห้องน้ำ เงื่อนไขนี้เกิดขึ้นเมื่อเลือดออกส่งผลกระทบต่อส่วนสุดท้ายของลำไส้ (proctitis, diverticulitis, ริดสีดวงทวาร, รอยแยกทางทวารหนัก, ติ่งหรือเนื้องอกของไส้ตรง)
หากอุจจาระเป็นสีแดงเข้ม แสดงว่าเลือดออกจะมาจากส่วนบนของทางเดินอาหาร (หลอดอาหาร กระเพาะอาหาร และลำไส้เล็กส่วนต้น)
มันฝรั่งหรือมันสำปะหลัง การกินยาลดกรด (ขึ้นอยู่กับอะลูมิเนียมไฮดรอกไซด์) หรือแบเรียมที่ใช้เป็นวิธีความคมชัดของรังสีเอกซ์ในทางเดินอาหารอาจทำให้อุจจาระมีสีขาวขุ่น
ในตอนแรกเรากล่าวว่าสีของอุจจาระนั้นเกิดจากการมีบิลิรูบินและสารเมตาบอไลต์ของมันเป็นหลัก มันตามมาว่า "ภาวะไขมันในเลือดต่ำในอุจจาระมักเกิดจากการมาไม่ถึงของน้ำดีในลำไส้ เช่น เนื่องจากมีนิ่วในถุงน้ำดี หรือเนื้องอกของท่อน้ำดีหรือตับอ่อนที่ไม่ค่อยเกิดขึ้นบ่อยนัก อุจจาระสีขาวสามารถส่งสัญญาณถึงความผิดปกติของตับที่ร้ายแรงหลายอย่างที่เกี่ยวข้องกับการอุดตันของท่อน้ำดี เช่น โรคตับแข็ง ตับอักเสบ และมะเร็งตับ
อุจจาระเป็นมัน เลี่ยน และสีซีดเป็นเรื่องปกติของ steatorrhea (มีไขมันในอุจจาระมากเกินไป ซึ่งมักเกิดจากการดูดซึมของลำไส้ที่บกพร่องเมื่อเกิดโรค celiac)